Архимандрит Сергий, в миру Иоанн Зайцев, родился в 1863 году в Гатчине. В 1891 году он поступил послушником в Нилову пустынь Тверской епархии, где нес послушание помощника учителя церковно-приходской школы. В 1893 году принял монашеский постриг с именем Сергий, затем был рукоположен во иеродиакона и иеромонаха.
После служения в Тверской и Казанской епархиях отец Сергий был возведен в сан игумена, а в 1908 году — в сан архимандрита. В январе 1909 года его назначили настоятелем древнего Успенского Зилантова монастыря близ Казани. Обитель нуждалась в благоустройстве и духовном окормлении, и архимандрит Сергий трудился над восстановлением монастырской жизни до событий 1918 года.
К середине 1918 года братия Зилантова монастыря была малочисленна: в ней оставались архимандрит Сергий, иеромонахи Лаврентий, Иосиф и Серафим, иеродиакон Феодосий, монахи Леонтий и Стефан, послушники Георгий Тимофеев, Сергий Галин, Иоанн Сретенский и Иларион Правдин. Когда в августе 1918 года Казань заняли белочешские части, на Зилантовой горе у монастыря были поставлены орудия. Архимандрит Сергий просил церковное начальство временно разместить братию по казанским монастырям, так как обитель оказалась занята для военных целей.
В ночь на 10 сентября 1918 года белочешские войска оставили Казань, и братия вернулась в родную обитель. Утром красноармейцы вошли в монастырскую слободу, ворвались в монастырь и вывели насельников из трапезной после последней в их земной жизни литургии. У стены монастырского двора были расстреляны архимандрит Сергий, иеромонахи Лаврентий и Серафим, иеродиакон Феодосий, монахи Леонтий и Стефан, послушники Георгий Тимофеев, Сергий Галин, Иларион Правдин и Иоанн Сретенский.
Иеромонах Иосиф, упавший при первых выстрелах и сочтенный мертвым, остался жив. После ухода карателей он выбрался из-под тел братии и добрался до Иоанно-Предтеченского монастыря, где рассказал о мученической кончине зилантовских иноков. Отпевание и погребение убиенных совершил архимандрит Иоасаф (Удалов), тогда управлявший епархией в отсутствие архиереев.