Пребывал на Цареградской кафедре с 495 или 496 по 511 год.

Принял "Энотикон" и поначалу поддержал раскол с папой, но вскоре выявилось расхождение во взглядах с императором Анастасием I. Македоний понимал "Энотикон" с позиций умеренной православной партии, а Анастасий имел в виду сближение с монофизитами и признание за ними главенствующего положения.

Когда император окончательно перешёл на сторону монофизитов, он потребовал того же от патриарха Македония. Православная партия столицы встала на защиту патриарха, и в городе начались безпорядки, направленные против императора. Волнения удалось подавить, в 511 году Македоний был смещён и отправлен в ссылку в Пафлагонию, в Евхаиты.

Скончался в ссылке в 516 году. Погребён в Царьграде в церкви святого Каллиника. По преданию, при отпевании святитель перекрестился.