Пр. Афанасий, в крещении Аврамий, родом из Трапезунта, осиротевши ещё в младенчестве, воспитан был некоторою монахиней и, по смерти её, отправился в Константинополь для довершения образования и жил в доме знатного сановника, родственника своего. Таким образом стал он известен и царю Роману Лекапену, который скоро назначил его учителем в училищах наравне с бывшим его учителем; но, заметив недовольство со стороны последнего, преподобный вскоре оставил должность учителя. Некогда родственник его послан был с поручением в Эгейское море и взял с собой Афанасия; Афанасий увидел Афонскую гору, полюбил её и начал думать о жительстве на ней. По возвращении в Царьград, услышал он о прибытии пр. Михаила Малеина (12 июля) из Кименского монастыря у горы Афонской, пошёл к нему и открыл ему своё намерение принять монашество. Когда они беседовали, пр. Михаила посетил племянник его, военачальник Никифор Фока, впоследствии император, и таким образом стал знать Афанасия.

Вскоре по возвращении преп. Михаила в свою обитель, прибыл туда и Афанасий, принял пострижение и усердно проходил все монастырские послушания, наставляемый Михаилом в подвижнической жизни. Чувствуя близость кончины, Михаил желал оставить его после себя игуменом; но Афанасий, узнав о том, бежал и странствовал по горе, живя уединённо. Между тем, узнав о смерти преп. Михаила и бегстве Афанасия, военачальник Никифор разыскивал его через Солунских властей по всей горе, но Афанасий упросил прота горы (первенствующего игумена) не говорить о нём, – и тогда Никифор дал Кименской обители другого настоятеля.

Прот позволил Афанасию безмолвствовать в пустынной кельи, версты за три от лавры Карейской; тут он жил и снискивал пропитание трудами рук своих, потому что писал книги хорошо и скоро. Однажды Лев, брат Никифора, посетил Афонскую гору и, беседуя с Афанасием, плакал от радости. Монахи, видя любовь воеводы к преподобному, просили Афанасия попросить его о постройке новой церкви в Карейской лавре. Воевода с радостью дал золота и серебра на построение церкви и, возвратясь в Царьград, возвестил Никифору об Афанасии.

По случаю отнятия Крита у Арабов (в 960 году), военачальник Никифор послал много денег преп. Афанасию для того, чтобы он построил монастырь на избранном уже месте с кельями для самого Никифора, который желал удалиться от мира. Афанасий построил две церкви, кельи, трапезу, больницу и прочие здания, собрал много братии и, написав устав общежития, стал игуменом. Но услышав, что Никифор по смерти Романа 2-го провозгласил себя императором (в июне 963 г.), опечалился, так как ради Никифора только и принял на себя труд устройства обители, чем навлёк и недовольство многих пустынников. Посему и удалился было на остров Кипр, но через несколько времени, повинуясь откровению, возвратился в свою обитель. Случилась ему нужда идти к императору по монастырским делам, и Никифор при свидании сказал ему: «знаю, что я не исполнил своего обещания и причинил тебе много трудов и скорбей; но потерпи на мне, ожидая моего покаяния».

Когда умер Никифор (в дек. 969 года), монахи Афонских обителей занесли новому императору Иоанну Цимисхию жалобу, что Афанасий воздвигает дорогие здания, копает новые источники, засевает нивы и делает гору как бы мирским селением. Цимисхий лично разобрал дело и решил его в пользу Афанасия, а в предотвращение несогласий впредь издал в 971 году «Устав для монастырей Афонских».

В обитель Афанасия собралось много братий из разных стран, даже из Италии и Грузии. Господь прославил его даром прозорливости и чудес. Скончался преподобный в 980 году от провала здания, которое осматривал с шестью учениками. При гробе его совершались исцеления; тело его в храме обители.