В начале 1930 года ОГПУ открыло против воронежского духовенства следственное дело. Среди многих других был арестован и архимандрит Игнатий. Пасху 1930 года он встретил в тюрьме. Вместе с ним в камере были священники, монахи и миряне, и в частности протоиерей Александр Архангельский и священник Феодор Яковлев. Начиная с Великого Четверга Страстной седмицы они совершали богослужение утром и вечером – по тем немногим книгам, которые были с ними в тюрьме, и по памяти. Священнический крест из кипариса был только у протоиерея Александра Архангельского. Служащий священник надевал этот крест, епитрахиль, в качестве которой служило полотенце, и начинали служить. В Великую Субботу с воли передали парчовую епитрахиль, и был отслужен водосвятный молебен, в конце которого один из священников, обращаясь к узникам камеры, сказал:

– Поздравляю вас с наступающим праздником Пасхи и желаю всем вам встретить его в добром здравии. Вам, братья-иереи, желаю и в дальнейшем быть твердыми защитниками веры православной, а вы, – обратился он к заключенным крестьянам, – должны приобщиться Святых Таин, потому что никто из нас не знает, когда наступит наша смерть; здесь есть много священников, у которых вы можете исповедаться.

Вечером в субботу были освящены куличи, и затем до двенадцати часов ночи узники читали по очереди Деяния апостолов. Удалось достать масло и устроить лампаду. В двенадцать часов ночи пропели «Христос воскресе» и стали укладываться спать. Пасхальную службу отслужили в воскресенье утром после поверки. Вся камера причащалась. После службы прикладывались ко кресту, который держал архимандрит Игнатий, христосовались и получали кусочек освященного кулича. В субботу и воскресенье священники получили передачи, которые были распределены между всеми узниками камеры. Таким же порядком прошла служба и на второй день Пасхи.

Архимандрит Игнатий был обвинен в том, что он являлся «фактическим руководителем монашества Центральной Черноземной области, через которое вел среди верующей массы антиколхозную и антисоветскую агитацию». Отец Игнатий виновным себя не признал. 28 июля 1930 года на заседании Коллегии ОГПУ слушалось «дело», по которому обвинялось тридцать восемь человек, в том числе и архимандрит Игнатий. Он был приговорен к десяти годам заключения в концлагерь. Через год Коллегия ОГПУ изменила приговор, постановив выслать его на весь оставшийся срок в Северный край. Архимандриту Игнатию было тогда шестьдесят шесть лет. Условия ссылки оказались непосильными для тяжело больного архимандрита, и через полтора года, 27 сентября 1932 года, на праздник Воздвижения Креста Господня, преподобноисповедник Игнатий скончался.