Преподобный Пахомий родился в первой четверти XIV века в городе Владимире на Клязьме. Мирское имя его было Иаков. Отец Иакова был священником в церкви святителя Николая, его имя Игнатий, мать называлась Анна. Оба они были люди богобоязненные и дали своему сыну благочестивое воспитание; семи лет он был отдан учиться священным книгам и, как скоро навык в Божественном Писании, начал проявлять необычайное усердие к храму Божию.

Особенно любил Иаков молиться в монастыре во имя Рождества Пресвятой Богородицы, и в этой славной обители он принял иноческое пострижение с именем Пахомия. «И возгорелось Духом Святым сердце его, — говорит древний жизнеописатель преподобного, — и затрепетала душа его Божественной любовью, ибо огонь Божественной благодати зажег душу его, и восхотел быть иноком. — Дух Святый вел его на этот путь». Отец его тогда скончался, оставив Иакова двенадцатилетним сиротой, а мать не препятствовала сыну исполнить его благочестивое намерение и благословила сына на путь иночества.

Новопостриженный юноша передается опытному старцу, строгому и требовательному духовному вождю, и беспрекословно подчинился ему: отрешается от своей воли и сдерживает желание своего сердца. Прошло сорок дней искуса, и настоятель посылает Пахомия в братскую пекарню. Неутомимо трудится здесь преподобный, работая днем и проводя без сна ночи, томя юную плоть свою. Так прошло много времени.

Игумен монастыря, видя трудолюбие и смирение преподобного Пахомия, приводит его к святому Алексию, наместнику Московского митрополита Феогноста, и просит посвятить Пахомия в диакона. Святой Алексий охотно исполняет это. И в сане диакона преподобный прожил в Рождественском монастыре много лет, около десяти, а затем сделался настоятелем Царе-Константиновской обители близ города Владимира. Святитель Алексий, восстановив древнюю обитель во имя равноапостольного царя Константина, не нашел для нее более подходящего игумена, чем преподобный Пахомий, добродетели которого давно знал он. Прибыв в 1362 году во Владимир, чтобы осмотреть воссозданную обитель, святитель Алексий поставил Пахомия ее начальником.

Несколько лет управлял преподобный обителью, устраивая в ней порядок жизни, назидая братию словом и примером. Но затем «Божия благодать пришла на него», и явилось у него желание перенести свои подвиги на место, где еще не сияли светом благочестия христианские подвижники. Ночью, тайно от братии оставляет преподобный Пахомий Царе-Константиновскую обитель и удаляется в Костромские пределы, на место, которое называлось Нерехта. С собою принес подвижник из имущества только две книги: «правильную книжицу» и Псалтирь.

В Нерехте Пахомий остановился на несколько дней у одного странноприимного мужа и в это время искал места, удобного для создания новой обители. Такое место нашел преподобный в двух верстах от селения на восток: оно отличалось красотой, было возвышенно и поросло лесом: вокруг него протекало две реки — Солоница и ее приток, речка Гридевка. Место представляло собой полуостров и издревле называлось Сыпаново городище.

Плененный красотою Сыпанова, подвижник просил жителей Нерехты уступить ему полуостров, на котором можно бы было поставить монастырь, и землю для обзаведения монастырского хозяйства. С радостью согласились исполнить просьбу нерехтчане, которым было очень приятно поселение у них святого, и усердно помогали преподобному Пахомию в устроении места для обители: рубили лес, расчищали землю, поставили малую келлию самому подвижнику.

Преподобный на свои и на собранные с народа средства написал образ Живоначальной Троицы и с крестным ходом, сопровождаемый толпою народа, принес образ на Сыпаново. На месте основания храма образ был поставлен и отпет молебен. Разошелся народ по домам, а преподобный в своей келлии молился Богу, благодарил Его за успешное начатие дела и сказал: «Здесь покой мой; здесь я вселюсь и стану жить, и пусть будет то, что угодно Богу».

Появились желающие сожительствовать подвижнику в его пустыни; он с радостью постригал их в иноческий образ и принимал, как чадолюбивый отец. Все было приготовлено к открытию Троицко-Сыпановой обители. Тогда преподобный Пахомий отправился с одним из братий в Москву и просил у митрополита Алексия благословение на построение храма в обители. Святитель с радостью принял подвижника, давно ему знакомого, вел с ним душеполезную беседу, без замедления дал благословенную грамоту и антиминс.

По возвращении из Москвы преподобный еще ревностнее спешил окончить Троицкий храм, еще усерднее работали с ним нерехтчане и окрестные жители. Вскоре храм был готов, украшен иконами, снабжен книгами и торжественно освящен при участии ближайшего духовенства и при стечении множества народа.

Окончив храм, преподобный Пахомий заботливо устраивает монастырь. Братия и многие посетители обители ставят братские келлии. Монастырь обносят стеною. Для пропитания братии заводится хлебопашество: вырубается окрестный лес, выжигается заросль и появляются поля, засеянные рожью, житом и овсом. Все это делал преподобный затем, чтобы братия не были праздными и питались от своих трудов, а не одними приношениями мирских людей.

Помня, что монастырь устроился на пожертвования мирян и даже при их трудовом содействии, преподобный Пахомий поставил за монастырской стеною гостиницу для приходящих в обитель богомольцев. Исполняя долг гостеприимства, подвижник кормил пришельцев монастырским хлебом и сам с братией вкушал вместе с ними трапезу.

Вместе с внешним шло и внутреннее устроение Пахомиевой обители. Подвижник дал ей строгий общежительный устав, определил монастырские должности: келаря, казначея, чтеца, певца и екклесиарха. В конце концов Нерехтский монастырь стал отличаться таким порядком, что другие монастыри стали ставить его в образец себе.

В трудах и заботах о своей обители, в молитвенных подвигах и попечении о спасении души своей состарился преподобный Пахомий, занемог и почувствовал приближение кончины. Инокам, окружившим одр, он сказал прощальное наставление: «Братия! — начал подвижник, — ныне отхожу от вас и вручаю вас всех Пресвятой Троице и Пречистой Богородице. А вы выберите вместо меня, кого хотите, настоятелем». В ответ братия заплакали и единогласно сказали умирающему старцу: «Отец наш и пастырь! Не лучше ли и нам быть погребенным с тобою, чем здесь оставаться без тебя!»

Преподобный утешил иноков, советовал им надеться на Бога и выбрал им в игумены на свое место Феодора, постриженника Владимирского Рождественского монастыря, оттуда пришедшего в Сыпановскую пустынь. И много святой поучал братию и наставлял на путь спасения, как соблюдать чин и устав монастыря, а в заключение прибавил: «Братия! Терпите находящие на вас скорби и беды на сем месте, да обрящете благодать Божию».

После того преподобный испросил у братии прощение, дал им последнее благословение и отпустил с миром по келлиям. 21 марта он приобщился Святых Таин, взирая на иконы, провозгласил: «Господи! В руце Твои предаю дух мой», — и скончался. Это было в 1384 году.

Погребение останков угодника Божия было очень торжественно, при большом стечении народа. Честные мощи преподобного положены были по правую сторону алтаря Троицкого собора. Когда в Сыпанове строили каменную церковь на месте деревянной, 6 мая 1675 года они обретены нетленными, но оставлены под спудом. Потом над ними был устроен придел во имя угодника Божия.

Господь Бог прославил Своего угодника даром чудотворений как при жизни его, так и по смерти. В Нерехте во дни преподобного Пахомия проживал человек, преданный неумеренному пьянству. От вина он лишился рассудка, бесновался и говорил бессмыслицу. 1 августа, во время освящения воды, когда преподобный шел на речку Гридевку, родственники вели несчастного в монастырь. Остановив крестный ход, подвижник велел привести больного к иордани, где происходило водоосвящение, и осенил его крестом. Безумный бросился в воду и кричал: «Ах, как больно мне: старец опалил меня огнем». При этом он оставался в речке, плакал и молился на иконы; рассудок вернулся к нему. Исцеленный потом рассказывал, что из креста вышел огонь, который опалил его. После литургии Пахомий дал исцеленному просфору, и он навсегда избавился от своей болезни.

Инок Иринарх, поселившийся в монастыре при жизни преподобного и много помогавший ему в устроении обители, был искусным живописцем. Через два года после кончины святого напал на Иринарха блудный помысл и тяжко мучил его. Инок покаялся в своем грехе открыто перед всей братией, но и это не помогло ему. Он постился, молился и, наконец, обратился к заступлению преподобного Пахомия, могилу которого посещал каждый день. В одну ночь, утомленный молитвой и возвратясь с могилы, Иринарх заснул и видит во сне светолепного старца, украшенного сединами, имеющего долгую бороду, белую, как снег, и с жезлом в руке. Старец сказал: «Брат Иринарх! Так всегда молись Господу Богу и Пречистой Богородице, Господь помиловал тебя, не согрешай впредь: вот исцеляет тебя Господь от помысла твоего». При этом чудотворец ударил инока по левому бедру жезлом. Иринарх в ужасе вскочил и видит перед собою преподобного Пахомия, который говорит: «Не бойся, чадо! Ты теперь видишь меня: напиши же образ подобия моего, потому что Господь сопричислил меня к лику преподобных». Проснувшись, Иринарх рассказал о своем видении игумену и братии. Исполняя волю почившего святого, Иринарх написал образ его, который стоит над гробницею и сохраняется доныне.