Это было тяжкое для Руси время, когда после нашествия полчищ хана Батыя 1240 года «древний Киев исчез на века, ибо сия некогда знаменитая столица, мать градов Российских, в четырнадцатом и пятнадцатом веке представляла еще развалины». Так писал автор «Истории Государства Российского» Н.М. Карамзин. Подверглась жестокому разрушению и святая Киево-Печерская обитель. Дикие орды завоевателей не пощадили ни каменных монастырских стен, ни церкви Пресвятой Богородицы Печерской, ни людей. Кого убили, кого увели в плен. «Весь монастырь со всеми украшениями и каменными стенами до основания искорениша и разметаша». Но свет, о котором пророчествовал дошедший до этих мест святой апостол Андрей Первозванный, возсиял уже на Киевских горах, и его нельзя было погасить. По словам «Синопсиса» Иннокентия Гизеля, «Если от злочестивого Батыя и в конечное разорение святая обитель Печерская пришла, и небу подобная церковь Успения Пресвятой Богородицы чрез многие лета пребывала в запустении, но в некоем приделе, уцелевшем от поганых, Божественныя службы страха ради совершались втайне. Черноризцы же по лесам и вертепам скитались…» Именно в это время преподобный Ипатий Целебник непрестанно трудился в послушании монастырском, днем ухаживая за больными, а ночами пребывая в молитве и мало когда принимая сна. Вкушал он только хлеб и воду, и то в небольшом количестве.

При усердном служении отцам в их болезнях сподобился преподобный Ипатий благодатного дара исцелять болезни. Страдавшие от разных недугов получали исцеление, прибегая к молитвенному заступничеству святого Ипатия. На нем исполнились слова преподобного Пимена Многоболезненного: «Равную награду будут иметь болящий и служащий тому». Нетленные мощи преподобного Ипатия, врача и целебника, почивают в Феодосиевых (Дальних) пещерах Киево-Печерской лавры.