Святой новомученик Пахомий был родом из Малороссии и попал в плен к татарам-мусульманам, которые обратили его в рабство. Его отвели в Усаки, близ древнего города Филадельфии в Малой Азии, где продали одному мусульманину-кожевнику. Обучая Пахомия своему ремеслу, кожевник также пытался наставить юношу в исламской вере и обратить его. Хотя Пахомий усердно учился ремеслу нового хозяина, он не желал становиться мусульманином. Так как он не хотел отречься от Христа, его иногда били и лишали пищи. Этот верный воин Христов прожил двадцать семь лет в рабстве, трудясь у своего хозяина в кожевенной мастерской.
Кожевник был так доволен трудом своего слуги, что предложил выдать за него свою дочь и сделать его наследником, хотя праведник и не соглашался принять ислам. Поскольку для брака с дочерью кожевника и получения какого-либо наследства от него Пахомию пришлось бы стать мусульманином, он отказался от этого предложения. Пораженный твердостью своего слуги, кожевник отпустил святого на свободу и сказал ему, что он может идти, куда пожелает.
Незадолго до ухода от своего хозяина святой Пахомий заболел. Некоторые мусульмане распространили слух, будто он уже отрекся от Христа и принял их веру. Из-за болезни его не обрезали, но одели в зеленую одежду, какую носят мусульмане. Христианам не разрешалось носить зеленое. Когда Пахомий выздоровел, он отправился в Смирну и стал купцом.
Спустя некоторое время святой снял мусульманскую одежду и отправился в монастырь святого Павла на Афоне. Там он встретил иеромонаха Иосифа, открыл ему тайны своего сердца и сказал, что желает стать монахом. Следующие двенадцать лет он прожил со старцем Иосифом, проходя монашескую жизнь и приобретая добродетели. Услышав о святом Акакии Кавсокаливите (12 апреля), он перешел в этот монастырь и стал учеником старца Акакия. Шесть лет он посвятил жизни непрестанной молитвы и стал самим образом и примером добродетельного монаха.
День ото дня в нем возрастало желание стать мучеником за Христа, потому что он боялся, что во время болезни, когда был не в здравом уме, мог произнести неосторожное слово и отречься от Господа. Святой Акакий пытался убедить его не следовать этому пути, думая, что такое желание могло возникнуть у Пахомия от гордости. Святой Акакий не хотел отпускать Пахомия и потому решил испытать его решимость. В течение следующего года он налагал на него различные правила и послушания, и оба они молились, чтобы Бог открыл им Свою волю. Они также советовались с самыми добродетельными отцами Святой Горы, и все они согласились, что Пахомию следует дать благословение оставить монастырь и искать мученичества.
Он снял монашеское облачение и оделся в одежду обычного христианина. Это он сделал для того, чтобы его поступки не навлекли преследований на афонские монастыри. В сопровождении старца Иосифа Пахомий вернулся в Усаки, место своего предполагаемого отречения от Христа. Старец Иосиф остановился на постоялом дворе, а Пахомий пошел в дом своего прежнего хозяина, затем прошел по рынку, надеясь, что его узнают. Вскоре его арестовали и привели к кади. Его обвинили в том, что он принял ислам, а затем вернулся к христианской вере, что считалось «преступлением», караемым смертью. Обвинители указывали на христианскую одежду святого как на доказательство. «Посмотрите, какие одежды он носит», — кричали они.
Кади сказал Пахомию, что ему нельзя носить христианскую одежду, потому что прежде он отрекся от Христа. Он убеждал Пахомия снова стать мусульманином, иначе его предадут смерти. С твердым мужеством святой Пахомий ответил, что гнушается их религией и никогда не отречется от Спасителя. Более того, он заявил, что готов перенести любые мучения и умереть за Христа многократно, если бы это было возможно.
Святого бросили в темницу, где он был лишен пищи, сна и всякого утешения. В это время его поддерживало только упование на Господа. Через три дня его приговорили к смерти. Мученик возрадовался и сказал кади, чтобы тот без промедления привел приговор в исполнение. Связанного святого Пахомия повлекли к месту казни; одни турки из толпы проклинали его и плевали на него, другие убеждали вернуться к исламу. Когда святой подвижник Христов преклонил колени для усекновения главы, даже палач умолял его спасти себя, приняв мусульманскую веру. Святой Пахомий остался тверд в своем решении и сказал палачу без промедления исполнить приказанное. Победоносный мученик был усечен мечом 7 мая 1730 года (в тот день праздновалось Вознесение Господне), получив от Христа нетленный венец.
Тело святого Пахомия три дня оставалось под открытым небом, а затем православным было позволено похоронить его. После погребения палач был одержим бесами и бегал по городу, крича и испуская пену изо рта. Через несколько дней он умер.
Старец Иосиф вышел с постоялого двора, где скрывался, и пошел к месту, где находилось тело святого. Он обратился к святому Пахомию так, словно тот был еще жив: «Дорогой мой Пахомий, ты достиг того, чего желал. Ходатайствуй пред Господом обо мне и обо всех, кто призывает тебя». Отец Иосиф тревожился, как покинуть эту местность и не быть схваченным. Святой Пахомий явился ему во сне и сказал: «Не бойся, старче, ибо никакого вреда тебе не будет». Доверившись словам святого, он без всяких препятствий вышел из города и вернулся на Святую Гору.
Одна местная христианка, много лет страдавшая от сильных головных болей, молилась святому Пахомию и просила его помощи. Она помазала голову его кровью и получила исцеление. Затем она написала монахам на Афон, прося их написать для нее икону мученика. Поскольку они знали его, когда он жил там, они помнили его облик и смогли написать икону. Женщина получила икону и с благоговением ежегодно чтила память святого Пахомия в годовщину его мученической кончины.
Позднее его святые мощи были перенесены в монастырь святого Иоанна на острове Патмос. 26 января 1953 года монастырь святого Иоанна передал частицу мощей святого Пахомия в монастырь святого Павла на Афоне, где святой некогда жил. Молитвами святого новомученика Пахомия да сподобимся и мы Царства Небесного.