Авва Даниил жил в VI веке, став монахом в Скиту ещё юным отроком. Он был взят в плен, когда Скит подвергся нападению варваров, которые держали его в неволе два года. Святой Даниил был выкуплен благочестивым христианином, но затем снова попал в плен. Спустя шесть месяцев, при попытке к бегству, он ударил одного из своих захватчиков камнем и убил его, после чего бежал и вернулся в Скит. Грех убийства тяжким бременем лёг на его совесть. Не зная, что ему делать, он пошёл к Патриарху Александрийскому Тимофею и попросил у него совета.
Патриарх выслушал его исповедь, но не наложил на него епитимии. Совесть же продолжала тревожить его, и он отправился в Рим к папе. Папа дал ему тот же ответ, что и Патриарх. Опечаленный, авва Даниил посетил по очереди и прочих Патриархов, отправившись в Константинополь, Антиохию и Иерусалим, исповедуясь каждому из них и прося совета. Но мира он так и не обрёл. Тогда он вернулся домой в Александрию и сам предал себя гражданским властям как убийца, и был брошен в темницу. На суде перед правителем Даниил рассказал ему обо всём, что произошло, и умолял о казни, дабы душа его спаслась от вечного огня. Правитель был изумлён его рассказом и сказал ему: «Ступай с миром, отче, и молись о мне Богу, и я желал бы, чтобы ты убил ещё семерых!»
Не удовлетворившись и этим, Даниил решил взять к себе в келлию прокажённого и заботиться о нём до его кончины, а затем найти другого. Так он и сделал, как решил, и этим обрёл покой своей совести.
Однажды, когда авва Даниил и авва Аммон шли вместе, авва Аммон сказал: «Когда же мы будем сидеть в своей келлии, отче?» Авва Даниил ответил: «Кто может разлучить нас с Богом? Бог в келлии, и Бог также вне её».
Он так прославился добродетелями своими, что был наречён игуменом Скита и почитался по всему Египту как новый Авраам и страннолюбец Христов. Он посетил святую Анастасию Патрицию (10 марта) в день её кончины. Она скрывалась под видом евнуха и жила в мужском монастыре в восемнадцати милях от Скита. Святой Даниил узнал, что она была женщиной, когда приготовлял её тело к погребению.
Авва Даниил встречал святых, желавших оставаться сокрытыми, таких как Марк юродивый Александрийский или монахиня в монастыре Ермополеоса аввы Иеремии. Она притворялась пьяной, навлекая на себя презрение прочих сестёр. Святой Даниил со своим учеником искали приюта в монастыре, и ночью они увидели, как та монахиня воздевала руки к небу, обильно плача и совершая поклоны. На следующую ночь они побудили игумению бодрствовать вместе с ними, дабы она могла увидеть, как проводит ночи та презираемая монахиня. Когда святая жизнь её стала известна, она покинула монастырь, чтобы не быть прославленной прочими сёстрами.
Святой Даниил упоминается также в Житии святой Фомаиды, которая была убита своим свёкром, ибо желала сохранить целомудрие (13 апреля по славянскому обычаю, 14 апреля по греческому), в Житии святого Евлогия Странноприимца (27 апреля), в Житии святых Андроника и Афанасии (9 октября), а также в Житии аввы Дулы.