В миру Иоанн, родился на острове Крит, в г. Мегало-Кастро (Хандакс, ныне Ираклион). Отец Франческо и мать Екатерина воспитывали его вместе с четырьмя другими детьми согласно христианским заповедям. Приехав в Константинополь, он 10 лет жил у своего дяди, врача. Затем поступил на службу к торговцу с Хиоса и помогал управлять делами в магазине хозяина во время его поездок на остров.

Однажды купец, вернувшись в Константинополь, сказал, что в магазине произошла недостача денег (30 гроссов), обвинил Иоанна и пригрозил ему наказанием. В отчаянии Иоанн пошел во дворец искать помощи у матери султана (в Османской империи валиде-султан являлась покровительницей христиан). Там он встретил эфиопа баш-агу (начальника над агами) по имени Мердан, который убедил его принять ислам.

Вскоре Иоанн почувствовал угрызения совести, бежал из дворца и на корабле отправился в Крым, где жил 10 месяцев. Желая пострадать за веру, Иоанн вернулся в Константинополь, однако по совету проповедника Симеона и мон. Иеремии удалился на Афон.

Вначале он подвизался в Иверском монастыре, затем - в Малом скиту прав. Анны, находясь на послушании у иером. Виссариона, который постриг его в монашество с именем Иларион. Получив от духовника благословение на мученичество, Иларион вместе с ним отправился в Константинополь.

Причастившись Св. Таин, он пришел во дворец и встретил там эфиопа Мердана. Иларион заявил о своем раскаянии, исповедовал Христа и порицал религию мусульман. Баш-ага жестоко избил Илариона, приказал пытать его, а затем заключить в тюрьму. Через три дня он предстал перед турецким правителем, который, видя непоколебимость мученика, приказал казнить его.

Преподобномученик Иларион был обезглавлен 20 сентября 1804 года в Константинополе, в возрасте 26 лет.

Христиане выкупили останки мученика, перевезли на остров Проти и похоронили в церкви Преображения Господня рядом с могилой мч. Димитрия Хиосского (+ 1802). После смерти прмч. Иларион был прославлен множеством чудес.

Житие прмч. Илариона, хранящееся в рукописи Малого скита прав. Анны на Афоне, было переписано и литературно обработано мон. Герасимом Микраяннанитом; издано в «Великом Синаксаристе», составленном кафигуменом В. Матфеосом.