Преподобный Арсений Новгородский, в миру Амвросий, родился в г. Ржеве в семье благочестивых христиан. Отец его, Григорий, занимался выделкой кож и научил своему ремеслу сына. Амвросий для поддержания родителей прилежно занимался этим ремеслом, не забывал он и нищих, которых наделял милостыней. Воспитанный во всяком благочестии, он ежедневно посещал храмы Божии для молитвы. По смерти отца Амвросий был понуждаем матерью вступить в супружество с девицей Марией, но и полгода не прожил с супругой.
Как некогда Авраам оставил дом родительский, чтобы идти странником на зов Божий, так и сей блаженный юноша оставил все свое – и дом, и присных – и втайне от них бежал в Великий Новгород. В Новгороде он исполнял кожевенные работы, тайно совершая спасительный подвиг поста и молитвы. Через пять лет святой Амвросий написал письмо жене и матери, в котором утешал их евангельским обещанием вечной блаженной жизни тем, кто оставит ради Господа мать, жену, детей, имущество (Мф.19,29).
В 1562 году с помощью Феодора Димитриевича Сыркова, благочестивого строителя храмов и монастырей, святой Амвросий основал обитель и храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы, что на Ярославском дворище (торговая сторона Новгорода, на правом берегу реки Волхов), по соседству с храмом в честь святых жен-мироносиц. В этой же обители он принял монашеский постриг с именем Арсений.
В образе Ангельском еще более усугубил преподобный Арсений свой подвиг, ибо всего себя предал любви Божией, и жительство его, по слову апостольскому, было сокровенно со Христом в Боге (Кол.3,3). Жизнь он вел самую строгую, довольствовался малым; на теле носил вериги, которые были прикрыты такой бедной и ветхой одеждой, что никакой бедняк не позарился бы на нее. Угодник Божий наряду со строгим постом и утруждением плоти занимался внутренним деланием: его ум был постоянно занят молитвой, сопровождавшейся благодатным даром слез. В последние годы земной жизни преподобный Арсений жил в затворе в своем монастыре. Из его очей постоянно текли слезы покаяния, и плакал он также о своей земной отчизне, провидя грозные беды, готовые обрушиться на гордых новгородцев за их беззакония.
В 1570 году царь Иоанн Грозный предал жестокой казни тысячи новгородцев. Узнав о преподобном Арсении, царь пришел к нему с щедрыми подарками. Но святой не принял даров, упрекнув царя за жестокость, строго говоря: «Многие неповинные души послал ты в Царство Небесное». Когда, собираясь в Псков, Иоанн Грозный вновь пришел к преподобному Арсению и просил благословения на дорогу, подвижник сказал: «Завтра, государь, готов и я в путь». Обрадовался его готовности царь, но это было только таинственное предсказание о собственной кончине. Наутро, приобщившись Святых Христовых Таин, преподобный Арсений предал на молитве чистую свою душу Богу 12 июля 1570 (1571) года.
Погребли святого Арсения в том же затворе, где он совершал спасительный подвиг. После обретения нетленных мощей преподобного над ними была построена часовня, а затем деревянная церковь в честь Рождества Христова. Сохранилась запись 1634 года: «На торговой стороне, в монастыре Арсеньеве мощи преподобного Арсения лежат под спудом; от мощей его приходящим с верою исцеления бывают. Тропарь и кондак ему составлен...» Не ранее 1701 года было написано житие святого Арсения и составлена ему служба. 21 января 1787 года нетленные мощи подвижника были перенесены в Кириллов монастырь близ Новгорода и положены на южной стороне соборной церкви во имя святителей Афанасия и Кирилла Александрийских (память 18/31 января). Там же был построен и освящен в сентябре 1793 года придел во имя преподобного Арсения, а в 1812 году устроена новая позолоченная гробница. Память преподобного Арсения праздновалась в обители в первое воскресенье после 18 января, то есть после храмового праздника монастыря. В честь преподобного Арсения был освящен также придел в храме в честь Владимирской иконы Божией Матери в г. Ржеве.
В древнем житии преподобный Арсений назван юродивым Христа ради.