Знамение от иконы Пресв. Богородицы в Новгороде было в 1170 году. Суздальский князь Андрей Боголюбский, замыслив образовать на севере Руси северную державу, соединился с князьями Смоленским, Рязанским, Муромским, Полоцким, Переяславским и Ростовским и хотел одним ударом сразить силу Новгородцев. «В то время, говорит летопись, Двиняне не хотяху дати дани Новгороду, но предашася великому князю Андрею Юриевичу, в Суздале тогда державствующему. Новгородцы отправили на Двину отряд требовать законной дани. То слышав, Андрей посла на них полк свой, который Новгородцы разбили на Беле-озере». Тогда Андрей разгневался на Новгородцев и начал собирать новые и многие полки против них: «мало не вся земля Русская совокупися, единых бо князей тогда бяше 72», но сам разболелся и вместо себя послал сына своего Мстислава. «Приидоша в Новгородскую землю и много зла сотвориша». 25 февраля соединенные войска окружили город, и начались кровопролитные приступы. Новгородцы, видя сильную рать осаждающих и изнемогая от брани, были в великом страхе и уповали только на Господа, Пресвятую Его Матерь и на молитвы своего архипастыря Иоанна (в иночестве Илии). Днем и ночью отверсты были храмы, исполненные народа, слезно молившегося о спасении града. Неусыпно бодрствовал с ними в молитве и пастырь, ограждая их молитвами своими, паче крепких стен. В третью уже ночь, когда он, по обычаю своему, стоял на молитве пред иконою Всемилостивого Спаса и со слезами вопиял ко Владыке о избавлении града, внезапно услышал глас от иконы: «иди в церковь Господа нашего Иисуса Христа, что на Ильинской улице, и вознеси оттуда икону Владычицы на градские стены, и тотчас узришь спасение своему граду». Исполненный великой радости, он всю ночь провел без сна. По утру созвал весь собор священнослужителей, объявил им о бывшем ему гласе откровения: народ прославил Бога и Пречистую Его Матерь и ободрился, как бы получил сильную помощь. Архиепископ послал вместе с клиром своего протодиакона и велел принести в собор икону Богоматери, сам же начал соборне совершать молебное пение; но посланные возвратились с вестию, что при всех усилиях никак не могли двинуть с места икону. Тогда пошел сам святитель со всем собором и, вошедши в церковь, пал пред иконою Владычицы и молился: «о, Премилостивая Владычице, Богородице Дево! Ты упование и заступница граду нашему, покров и прибежище всем христианам; молися Сыну Твоему и Богу нашему за град наш и не предаждь нас врагам нашим, грех ради наших; но услыши плач и воздыхание людей Твоих и пощади нас, как и Ниневитяне древле пощажены были, покаяния ради». Поднявшись от земли, начал он совершать молебное пение и, когда клир возгласил: «предстательство христиан непостыдное», внезапно, сама собою, подвиглась икона Богоматери; народ, видя чудо, единодушно возгласил: «Господи, помилуй!»
Архиепископ, приняв на руку святую икону, облобызал ее и с молебным пением соборно понес в сопровождении народа на стену градскую и там поставил напротив нападавших. Был уже час шестой дня; враги сильнее налегали на город и пустили тьму стрел на городские стены. Внезапно св. икона отвратила священный лик свой от нападавших и обратилась к городу, как бы в знамение великого милосердия Владычицы к бедствующим. Святитель же, воззрев на Божественный лик, увидел слезы, истекающие из милосердных очей Владычицы; он принял на свою фелонь сии драгоценные капли и воскликнул: «о, чудо славное! как из сухого дерева источает слезы Царица Небесная, являя нам знамение слезной Своей молитвы к Сыну Своему и Богу нашему о избавлении града!» Внезапный ужас напал на сопротивных и тьма их покрыла, гнев Божий смутил их; они взаимно поражали друг друга. Видя их смятение, граждане отворили врата, устремились на врагов и победили полки их, помощию Пресвятые Богородицы. В память этого события святитель Илия установил в 27 день ноября праздник Знамения Божией Матери в великом Новгороде и назвал его днем избавления Новгорода и днем наказания ратующих против единоверных. Вся Россия приняла этот праздник.
Чудотворная икона 186 лет после явления знамения находилась в Спасопреображенской церкви на Ильиной улице. В 1356 году для чудотворной иконы Знамения Богородицы начат постройкою в Новгороде особый храм, который доселе называется собором Знамения Богородицы.
Пахомий Логофет, иеромонах, родом Сербянин, пришедший в Россию из Афонской горы в Новгород, в 1460 г., по желанию Ионы, архиепископа Новгородского, написал два канона на праздник Знамения, из коих один напечатан в службе Богоматери.